Жер қойнауын пайдаланушылардың арнайы төлемдері мен салықтарына мыналар жатады:

1) қол қою бонусы (жер қойнауын пайдаланушының келісімшарттық аумақта (жер қойнауы учаскесінде) жер қойнауын пайдалану құқығын сатып алғаны үшін сондай-ақ келісімшарттық аумақты кеңейту кезінде біржолғы тіркелген төлемі болып табылады). 510.00 ТНК жер қойнауын пайдалану құқығын ұсыну бойынша конкурстың жеңімпазы деп жарияланған күннен бастап 20 жұмыс күнінен кешіктірмей ұсынылады.

2) Тарихи шығындарды өтеу жөніндегі төлем (тарихи шығындарды өтеу жөніндегі төлем жер қойнауын пайдаланушының келісімшарттық аумақты (учаскені) геологиялық зерделеуге және жер қойнауын пайдалануға арналған келісімшарт жасалғанға дейін кен орындарын барлауға мемлекет шеккен жиынтық шығындарды өтеу жөніндегі тіркелген төлемі болып табылады. 560.00 ТНК келісімшарттық аумақта өндіру басталғаннан және ең ерте тұнба басталғаннан бастап төленеді: - коммерциялық анықтау туралы хабарландыру; - өндіру кезеңіне көшу; - пайдалы қазбаларды өндіруге лицензия/келісімшарт беру немесе жасасу;

3) жер қойнауын пайдалануға баламалы салық (тарихи шығындарды өтеу бойынша төлемнің, пайдалы қазбаларды өндіруге салынатын салықтың, үстеме пайдаға салынатын салықтың, Каспий теңізінің қазақстандық секторында толық орналасқан көмірсутектерді өндіруге және барлауға арналған келісімшарттың орнына қолдануға құқылы).

4) роялти; өнім туралы бөлім бойынша Қазақстан Республикасының үлесі: - жер қойнауын пайдаланушы пайдалы қазбаларды мемлекет атынан алушыға Қазақстан Республикасының Президенті бекіткен келісімде белгіленген тәртіппен және мерзімдерде береді. - алушы мемлекет атынан пайдалы қазбаларды дербес немесе мемлекет атынан осындай өткізуді жүзеге асыруға алушы уәкілеттік берген тұлға арқылы өткізеді. - мемлекет атынан алушы немесе мемлекет атынан осындай іске асыруды жүзеге асыруға алушы уәкілеттік берген тұлға ағымдағы төлемдерді айқындайды және бюджетке аударады. - жер қойнауын пайдаланушы, алушы мемлекет атынан орналасқан жері бойынша салық органдарына декларацияны ұсынады.

5) пайдалы қазбаларды өндіруге салынатын салық (ҚР аумағында өндірілетін минералдық шикізаттың, көмірсутектердің, жер асты суларының және емдік балшықтардың әрбір түрі бойынша жеке төленеді, 746-бапқа (қатты пайдалы қазбаларға, көмірсутектерге, минералдық шикізатқа ставкалар) 748-бапқа (кең таралған пайдалы қазбалар мен жерасты суларына, емдік балшықтарға ставкалар) сәйкес ставкалар бойынша төленеді).