В соответствии с пунктом 2 статьи 98 Кодекса Республики Казахстан «О таможенном деле в Республике Казахстан» при определении таможенной стоимости товара в цену сделки включаются роялти и сборы за выдачу лицензии, связанные с оцениваемыми товарами, подлежащие уплате продавцом прямо или косвенно как условие продажи оцениваемых товаров, если такие роялти и сборы не были включены в цену, фактически уплаченную или подлежащую уплате.

Положения статьи 8 Генерального Соглашения по тарифам и торговле  (ГАТТ, 1994) также распространяются на обложение, сборы, формальности и требования, устанавливаемые правительственными органами в связи с импортом и экспортом, включая в том числе и относящиеся к лицензированию.

Если в контракте на поставку товаров с использованием товарного знака предусмотрено (оговорено) включение роялти (лицензионных плат) за использование данного товарного знака, то в таможенную стоимость товара включаются все указанные платы.

Условиями договора также могут предусматриваться процентные отчисления от стоимости чистых продаж продаваемого лицензионного товара, либо периодические отчисления лицензиатом в виде фиксированных ставок через определенные промежутки времени. В таком случае лицензионные платежи включаются после выпуска товаров путем осуществления корректировки таможенной стоимости и уплаты таможенных платежей и налогов.

Согласно пп. 2 п. 6 ст. 241 Налогового кодекса не является облагаемым оборотом по налогу на добавленную стоимость (далее НДС) за нерезидента приобретение работ и услуг, стоимость которых включена в таможенную стоимость импортируемых товаров и с которой НДС на импорт уплачен в бюджет.

Таким образом, в целях исключения двойного обложения НДС участникам ВЭД необходимо в добровольном порядке и своевременно производить корректировку таможенной стоимости с уплатой таможенных платежей и налогов путем подачи заявления в органы государственных доходов с приложением электронной копии КТС и копии платежных поручений.

При этом в соответствии со ст.70 Налогового кодекса налогоплательщику предоставлено право внесения изменений и дополнений в ранее представленную налоговую отчетность путем составления дополнительной налоговой отчетности за налоговый период, к которому относятся данные изменения и дополнения.

Соответственно, в случае если стоимость услуг включена в таможенную стоимость товаров и НДС на импорт уплачен в бюджет Республики Казахстан позже, чем исчислен НДС за нерезидента, налогоплательщик вправе уменьшить исчисленную сумму НДС за нерезидента со стоимости таких услуг, путем представления дополнительной налоговой отчетности.