В соответствии с налоговым законодательством отсутствие учетной документации проверяемого налогоплательщика не является основанием для прекращения налоговых проверок.

В ходе проведения налоговой проверки налогоплательщику в обязательном порядке вручается требование органа налоговой службы о предоставлении или восстановлении документов,  необходимых для проверки, а также извещение о приостановлении налоговой проверки.

Требование органа налоговой службы подлежит исполнению в течение тридцати рабочих дней со дня, следующего за днем вручения требования налогоплательщику.

Налогоплательщик, не представивший по требованию органа налоговой службы, документы, необходимые для определения объектов налогообложения или объектов, связанных с налогообложением, обязан письменно объяснить причины непредставления указанных документов.

         При этом в соответствии с пунктом 1 статьи 639 Налогового кодекса в случае нарушения порядка ведения учета, при утрате или уничтожении учетной документации органы налоговой службы определяют объекты налогообложения и (или) объекты, связанные с налогообложением, на основе косвенных методов (активов, обязательств, оборота, затрат, расходов) в порядке, определенном статьями 639 - 642 Налогового кодекса.

Согласно пункту 3 статьи 639 Налогового кодекса под косвенными методами определения объектов налогообложения и (или) объектов, связанных с налогообложением, понимается определение сумм налогов и других обязательных платежей в бюджет на основе оценки активов, обязательств, оборота, расходов, а также оценки других объектов налогообложения и (или) объектов, связанных с налогообложением, принимаемых для расчета налогового обязательства относительно конкретного налога и другого обязательного платежа в бюджет в соответствии с Налоговым кодексом. Оценка объектов налогообложения и (или) объектов, связанных с налогообложением, осуществляется на основании информации, полученной из налоговой отчетности и (или) первичных учетных документов, а также из других источников.

Статьей 641 Налогового кодекса определены источники информации, в том числе результаты встречных проверок. В связи с чем, на основании подпункта 3 пункта 2 статьи 641 Налогового кодекса органы налоговой службы направляют запросы также в другие налоговые органы о проведении встречных налоговых проверок по вопросу взаиморасчетов с поставщиками и покупателями проверяемого налогоплательщика (налогового агента).

При этом при определении объектов налогообложения и (или) объектов, связанных с налогообложением, в соответствии со статьей 642 Налогового кодекса расходы налогоплательщика (налогового агента), не подтвержденные первичными документами, не относятся на вычеты для исчисления корпоративного подоходного налога и в зачет для исчисления налога на добавленную стоимость.

На основании изложенного, при исчислении обязательств по корпоративному подоходному налогу и налогу на добавленную стоимость косвенным методом следует определять не только полученные доходы, но и осуществленные расходы, направленные на получение дохода, путем проведения встречных проверок с обязательным подтверждением первичными бухгалтерскими документами.